В отличие от сертификатов с проверкой домена, мультидоменные сертификаты защищают только те домены и субдомены, которые указываются при генерировании сертификата.
Например, если при генерировании сертификата Comodo PositiveSSL вы указали www.domain.com, то по умолчанию, защищен также будет и domain.com.
Ситуация с мультидоменными сертификатами иная: если при генерировании сертификата вы укажете www.domain.com, example.us и myworld.domain.net, то domain.com, www.example.us и www.myworld.domain.net защищены НЕ будут. Будьте внимательны, если вам необходимо защитить и domain.com, и www.domain.com, укажите оба варианта.