Да. При генерировании мультидоменного SSL-сертификата вы указываете основной домен (содержится в CSR) и дополнительные домены. После процесса валидации на электронный ящик, указанный в административном контакте сертификата вам будет выслан один файл сертификата, который нужно установить на все домены для которых генерировался сертификат.